Huyện lỵ của huyện là thị trấn Trâu Quỳ, cách trung tâm thành phố Hà Nội 12 km.
Về mặt địa lý, huyện Gia Lâm được phân ra làm ba khu vực, ngăn cách bởi dòng sông Đuống gồm:
Cụm Bắc Đuống: thị trấn Yên Viên và các xã: Yên Viên, Yên Thường, Dương Hà, Ninh Hiệp, Đình Xuyên, Phù Đổng, Trung Mầu.