hình Bảo Yên có sự chia cắt mạnh, có núi cao, khu vực sâu và thung lũng hẹp. Các nhà khoa học xếp Bảo Yên vào loại vùng đồi nhỏ hơn 300 – 400m và 400 – 500m. Vành đai vùng đồi nhỏ hơn 300 – 400m chiếm phần lớn diện tích thung lũng các sông suối lớn như thung lũng sông Chảy. Các vành đai vùng đồi núi thấp 400 – 500m có địa hình chia cắt mạnh, núi cao, sườn dốc, khe sâu vực thẳm, thung lũng hẹp, bậc thang nhỏ đất bồi tụ, nhìn chung không lớn, diện tích hẹp, phân bố rải rác; bồn địa tương đối bằng phẳng tạo nên những cánh đồng rộng lớn ở vùng Nghĩa đô, Vĩnh Yên, Xuân Hòa, Bảo Hà, Kim Sơn, Cam Cọn.
Diện tích tự nhiên của huyện rộng, song chủ yếu là rừng và đất rừng chiếm hơn 70% diện tích tự nhiên của huyện, với diện tích che phủ hiện nay là 51% (năm 2009). Hiện ở Bảo Yên còn tồn tại ba kiểu rừng chủ yếu, đó là; Rừng nguyên sinh tập trung tại đầu nguồn và trên vành cao dãy núi Con Voi, có nhiều lâm sản quý hiếm; Rừng giữa hiện nay đã được giao đến hộ gia đình và các tập thể, việc khai thác kết hợp với trồng mới và tu bổ đã trở thành vành đai rừng phòng hộ; Rừng cỏ tranh, lau lách, cây bụi ở vùng thấp, hiện nay đang được phát triển các loại cây ăn quả, cây nguyên liệu. Bên cạnh nguồn tài nguyên thiên nhiên dồi dào, rừng Bảo Yên còn có các loại chim, thú và một số loại thuốc nam quý. Đất tự nhiên ở Bảo Yên có khả năng trồng các loại cây công nghiệp và cây ăn quả.
H