Tuyến đảo Vân Hải, nằm ở rìa phía Đông Nam của huyện, gồm các đảo lớn như: Trà Bàn, Cao Lô, Quan Lạn, Đông Chén, Thẻ Vàng, Ngọc Vừng, Cảnh Tước, … và một loạt các đảo nhỏ khác, thành bức bình phong che chắn ngoài khơi vịnh Bái Tử Long. Diện tích đất đai xã Bản Sen chiếm nửa già diện của đảo Trà Bản, đảo lớn thứ hai trong huyện, cùng với đảo Đông Chén và các đảo nhỏ lân cận.
Huyện Vân Đồn có các phía Tây Bắc giáp vùng biển huyện Tiên Yên và Đông Bắc giáp vùng biển huyện Đầm Hà, phía Tây giáp Thành phố Cẩm Phả, ranh giới với các huyện thị trên là lạch biển Cửa Ông và sông Voi Lớn, phía đông giáp vùng biển huyện Cô Tô, phía Tây Nam giáp vịnh Hạ Long, thành phố Hạ Long, và vùng biển Cát Bà thuộc Thành phố Hải Phòng, phía Nam là vùng biển ngoài khơi vịnh Bắc Bộ.
Hu