Thời thuộc Minh, Vị Xuyên có tên là châu Bình Nguyên. Thời nhà Lê sơ là châu Bình Nguyên phủ Yên Bình (phủ đặt từ năm Quang Thuận) thừa tuyên (xứ) Tuyên Quang (trước đó, đầu thời Lê sơ, thuộc Tây đạo). Sang thời nhà Mạc (thế kỷ 16) đổi thành châu Vị Xuyên (chữ Hán: 渭川), thuộc phủ Yên Bình xứ (đầu thời nhà Nguyễn đổi thành trấn) Tuyên Quang. Thời Lê trung hưng, cùng với toàn xứ Tuyên Quang, châu Vị Xuyên cũng nằm trong địa bàn cát cứ của các đời chúa Bầu.
Đến cuối thế kỷ 17, chúa Bầu cuối là Vũ Công Tuấn chạy sang nhà Thanh giao nộp 3 động Ngưu Dương, Hồ Điệp, Phổ Viên ở phần phía bắc của châu Vị Xuyên cho Trung Quốc.
Đế